Dororo dreht sich um den jungen Mann Hyakkimaru, dem vor seiner Geburt 48 Körperteile von Dämonen entwendet wurden. In seinem Umfeld wurde er somit als nutzlos abgestempelt und ist folglich in einen Fluss geworfen worden. Im Erwachsenenalter ist er nun im Besitz 48 „unechter“ Körperteile und begibt sich auf die Suche nach seinen ursprünglichen Körperteilen, die mittlerweile alle zu Dämonen mutiert sind.