15 Jahre sind nach dem ersten Angriff der „Engel“ vergangen und die Menschheit wird erneut attackiert. Dieses Mal sind sie jedoch darauf vorbereitet und so befindet sich der Junge Shinji Ikari bereits auf dem Weg ins Nerv Hauptquartier, um von dort aus mit einer biomechanischen Kampfmaschine, einem sogenannten Evangelion, gegen den Eindringling zu kämpfen. Ihm zur Seite stehen seine Einsatzleiterin und Vormund Misato Katsuragi und die Eva-Pilotin Rei Ayanami. Es beginnt ein Kampf um das Überleben der Menschheit.