Der vierte und letzte Film der Evangelion-Wiederaufbau-Filmreihe.
In einer postapokalyptischen Welt ist die letzte befestigte menschliche Siedlung in Japan die stark befestigte Stadt Tokio-3. Der vierzehnjährige Shinji Ikari wird in das Hauptquartier von Nerv gebracht, einer Untergrundorganisation, die von seinem entfremdeten Vater Gendou geleitet wird. Er fordert Shinji auf, Pilot einer “Evangelion” zu werden, einem kolossalen Android, der gebaut wurde, um gegen monströse und zerstörerische außerirdische Kreaturen zu kämpfen, die als “Engel” bekannt sind und den Planeten verwüsten und das Überleben der verbleibenden Menschheit bedrohen.