Im Jahr 2032 ist die gegenwärtige Definition des Begriffs „Mensch“ weitgehend Geschichte; zumindest kann die ursprüngliche Definition berechtigt in Frage gestellt werden. Industriell gefertigte Körperteile sowie komplette Roboterserien haben das verletzliche Fleisch und die begrenzte Belastungsfähigkeit der humanen Zelle abgelöst. Während Androiden und Cyborgs einen stetig wachsenden Teil Bevölkerung stellen, trauert so manch Verbliebener der menschlichen Rasse aussterbenden Idealen und nostalgischen Gefühlen hinterher.

Dies ist die Welt, in der Sektion 9, eine Spezialeinheit des japanischen Innenministeriums, um die Würde des Gesetzes und gegen den Cyber-Terrorismus kämpft. Batou, dessen Partnerin Major Kusanagi vor drei Jahren ihren physischen Körper verloren hat und nur noch als „Geist“ im Netz existiert, wird gemeinsam mit seinem neuen Partner Togusa auf eine mysteriöse Mordserie angesetzt. Ein weibliches Cyborg-Modell, spezialisiert auf die Befriedigung triebgesteuerter Liebesbedürfnisse, tötet scheinbar wahllos seine Besitzer, um anschließend Selbstmord zu begehen. Im Laufe ihrer Ermittlungen werden die beiden Agenten mit eiskalten Yakuza-Mitgliedern, skrupellosen Schwarzmarkthändlern und einem morbiden Computerhacker an der Schwelle zwischen Genialität und Wahnsinn konfrontiert, bis sie schließlich auf die abscheuliche Wahrheit hinter den Verbrechen stoßen.