Wir schreiben das Jahr 2034 – und der Terrorismus zeigt ein neues Gesicht. Nicht mehr länger an die Beschränkungen der physischen Welt gebunden, hat sich der Kampf gegen den Terror auf das Netz ausgedehnt. Um dieser neuen Bedrohung zu begegnen, wurde eine Elite-Antiterroreinheit ins Leben gerufen: Sektion 9, zuständig für die öffentliche Sicherheit. Zwei Jahre sind vergangen seit die Kommandantin des Teams, Major Motoko Kusanagi, von ihrem Posten zurückgetreten ist. Das rasche Aufeinanderfolgen mehrerer mysteriöser Selbstmorde ruft Sektion 9 auf den Plan. Ihr Gegner ist der “Puppenspieler”, ein gefährlicher Hacker mit schier unschlagbaren Fähigkeiten. Als die Untersuchung dieser terroristischen Bedrohung Sektion 9 in die Untiefen einer politischen Regierungsverschwörung führt, kreuzen sich ihre Wege erneut mit denen des Majors. Ist ihr plötzliches Auftreten purer Zufall oder steht sie in irgendeiner Verbindung mit dem “Puppenspieler”?