Mysteriöse fliegende Kreaturen, auch Zai genannt, tauchen aus dem Nichts plötzlich überall auf. Um sich gegen diese Kreaturen zur Wehr setzen zu können, erschaffen die Menschen sowohl Kampfflieger, auch “Töchter” genannt, als auch Kampfvorrichtungen in Gestalt von menschlichen Mädchen – die sogenannten „Anima“. Während dieser Ereignisse rücken Kei Narutani, der sich danach sehnt, durch die Lüfte zu fliegen und das Mädchen Guripen, eine Anima, die als Trumpfkarte der Menschheit gilt, in den Vordergrund.