Im letzten Sommer des 20. Jahrhunderts tauchen aus dem Nichts plötzlich riesige Monster, sogenannte Kaijus, auf der Erde auf und die Menschheit muss auf grausame Weise lernen, dass nicht mehr sie die Herrscher über die Welt sind. Mit den Kaijus erscheint auch Godzilla, der sich ihnen siegreich im Kampf entgegenstellt und sich somit als stärkstes aller Monster behauptet. Durch das Aufeinandertreffen dieser Giganten gerät die Menschheit jedoch an den Rand der Auslöschung und so bleibt ihr als einziger Ausweg zum Überleben nur, die Erde zu verlassen. Eine von der Regierung geschaffene künstliche Intelligenz wählt die Besatzung für das Aussiedlungsraumschiff Aratrum aus, das sich auf den Weg nach Tau Cetus e begibt, ein Planet, der 11,9 Lichtjahre von der Erde entfernt ist. Als sie Tau e jedoch nach 20 Jahren erreichen, muss die Besatzung der Aratrum schmerzlich feststellen, dass dieser aufgrund der vorgefundenen Begebenheiten nicht von Menschen bewohnbar ist. An Bord befindet sich Haruo Sakaki, der als 4-Jähriges Kind miterleben musste, wie seine Eltern vor seinen Augen von Godzilla getötet wurden. Er beschließt als einzigen Ausweg die Rückkehr zur Erde, um dort Godzilla zu vernichten und die Zerstörung der Erde noch abzuwenden. Doch als sie schließlich auf der Erde landen, erkennen sie, dass beinahe 20.000 Jahre seit ihrem Aufbruch vergangen sind und die Welt, wie sie sie verlassen haben, nicht mehr existiert. Die Menschheit muss sich Godzilla, der nunmehr die Erde beherrscht, in einem unerbittlichen Kampf stellen, wenn sie ihren Planeten zurückerobern und ihr Überleben sichern wollen!