Der letzte Sommer des 20. Jahrhunderts. An diesem Tag lernen die menschlichen Wesen, dass sie nicht die einzigen Herrscher über den Planeten Erde sind.

Das Erscheinen der gigantischen Kreaturen, den „Kaijuus“, und die ultimative Existenz, die alle Monster vernichtet: Godzilla. Durch die Kämpfe gegen die Kaijuus, die ein halbes Jahrhundert andauerten, hat die Menschheit schwere Niederlagen erfahren und plant, von der Erde zu fliehen. Im Jahre 2048 konnten nur diejenigen fliehen, die durch eine K.I. der Regierung auserwählt wurden. Sie bemannten das interstellare Emigrationsschiff „Aratrum“ um nach „Tau Cetus e“, einem 11,9 Lichtjahre entfernten Planeten zu gelangen. Die umweltbedingten Unterschiede zwischen der Erde und Tau Cetus e, den sie nach 20 Jahren erreicht hatten, waren jedoch größer als die erwarteten Zahlen. Diese Umgebung war nicht für menschliches Leben geeignet.

Der junge Mann auf dem Emigrationsschiff: Haruo, der als vierjähriger vor seinen Augen sah, wie seine Eltern von Godzilla getötet wurden, hat seit 20 Jahren nur eine Sache im Sinne: zur Erde zurückkehren und Godzilla töten. An der Möglichkeit gehindert zu emigrieren, verschlechtert sich der Lebensraum auf dem Schiff. Haruo führt eine mehrheitliche Gruppe von „Erd-Rückkehrern“ an, die darauf besteht, durch eine riskante Distanz-Hyperraum-Naviagtion zur Erde zu gelangen. Jedoch sind auf der Erde bereits 20.000 Jahre vergangen, sie wurde zu einer unbekannten Welt mit einem Ökosystem, dass von Godzilla regiert wird.