Im Jahre 2029 ereignete sich Lost Christmas, ein Vorfall, bei dem das bis dahin unbekannte Apocalypse-Virus ausbrach und seitdem befindet sich Japan, insbesondere Tokio, unter der Kontrolle einer Organisation namens GHQ, die unter harter Führung versucht, eine weitere Seuche zu verhindern.

Zehn Jahre später gerät der ahnungslose Junge Shuu zwischen die Fronten der GHQ und der Undertaker, einer terroristischen Widerstandsgruppe, die scheinbar versucht, die Pläne der Regierung zu vereiteln. Dabei gelangt er zufällig in Besitz des Void Genoms, welches ihm die Fähigkeit verleiht, Waffen, Werkzeuge oder ähnliches, sogenannte Voids, aus anderen Menschen zu extrahieren. Zunächst mit der Situation überfordert, entschließt er sich doch bald, den Undertakern beizutreten, maßgeblich nach dem er das Mädchen Inori trifft, das eine wichtige Position bei den Undertakern innehat.