Die Story spielt in einer alternativen Timeline, in der nach dem Ende des ersten Ablegers der Videospiel-Reihe der Fußballclub von Protagonist Asuto Inamori aufgelöst wurde, nachdem das Spielfeld der Schule zerstört wurde. Der junge Spieler und seine Freunde gehen nun nach Tokyo an die Raimon Mittelschule, um dort weiter Fußball spielen zu können. (Prolog Folge zu Inazuma Eleven Ares)