Die Geschichte von Kujira no Kora wa Sajou ni Utau spielt in einer von Sand bedeckten Welt. Ein Junge namens Chakuro lebt auf einem riesigen, utopischen Schiff namens „Schlammwal“, das über das Meer aus Sand driften kann. Seine Freunde und er haben jedoch noch nie jemanden von der Außenwelt gesehen und verbringen ihre Tage weitgehend damit, mehr über diese Welt zu erfahren. Doch eines Tages driftet ein ruiniertes Schiff ab und Chakuro trifft darin auf ein Mädchen …