Gekijouban Mahou Sensei Negima! Anime Final spielt als alternatives Ende zum eigentlichen Ausgang des Mangas. Nach den Ereignissen in der “Magischen Welt” kehren Negi und seine Schülerinnen zurück auf die Erde und zur Mahora, doch auch dort wartet bereits das nächste und wahrscheinlich komplizierteste Problem auf ihn. Negi hat nur einen Tag, um sich endgültig für eine Partnerin zu entscheiden, woraufhin alle anderen, die er nicht wählt, die Erinnerung an ihn und die Magie verlieren. Als die Mädchen davon erfahren, reagiert jede auf ihre eigene Art und Weise darauf. Während einige den Abend zusammen verbringen, wollen andere sich nicht die Chance auf einen letzten Kampf mit Negi nehmen lassen. Der Druck auf Negi, sich für eines der Mädchen zu entscheiden und damit ein “Magister Magi” zu werden, verstärkt sich als sein 30-Jahres-Plan ein abruptes Ende findet und der Mars im Begriff ist auf die Erde zu stürzen, was beide Welten zerstören würde.