Normal, Special und Abnormal. In diese drei Kategorien teilen sich die Schüler der Hakoniwa Academy auf. Mit ihrer übermenschlichen Kraft und ihrem unglaublichen schulischen und sportlichen Talent gehört Medaka natürlich zur letzten Gruppe. Daher hat auch der Schulleiter ein Auge auf die Präsidentin des Schülerrates geworfen und möchte sie für seine geheimen Pläne nutzen. Zusammen mit ihrem Kindheitsfreund Zenkichi und den anderen Mitgliedern des Schülerrats muss sich Medaka neuen Gegnern stellen, die den Frieden an der Schule bedrohen und dabei auch nicht vor Gewalt und Zerstörung zurückschrecken.