Eine atmosphärische Geistergeschichte, die die Wahrheit über Freundschaft, Familie und Einsamkeit erzählt. Anna lebt bei ihren Pflegeeltern, sie ist eine Außenseiterin ohne Freunde, ständig außerhalb des Geschehens. Eines Tages wird sie zu Verwandten ihrer Pflegemutter, Kiyomasa und Setsu Oiwa, in ein ländliches Dorf am Meer nach Hokkaido geschickt um ihr Asthma zu kurieren. Sie bleibt bei ihnen und verbringt ihren Tag meist mit wildem Umherlaufen in den Sanddünen und am Wasser. Dort findet sie ein Haus, das Haus der Marshs, was ihre Gefühle erkennt und bald darauf trifft sie ein seltsames kleines Mädchen namens Marnie, die Annas erste Freundin wird. Dann, eines Tages, verschwindet Marnie wieder.
Eines Tages zieht Sayaka mit ihren Eltern in das Haus der Marshs. Nachdem Anna so viel von Marnie über Freundschaft gelernt hatte, beginnt zwischen ihr und den Sayaka eine feste Freundschaft. Dabei erfährt sie einige merkwürdige Dinge über Marnie, die nicht ganz das war, was sie zu sein schien …