Project Scard zeigt die Begegnungen und Schlachten derer, die Tätowierungen haben, die die versiegelten Kräfte göttlicher Bestien und Götter besitzen. Die Geschichte spielt in der Akatsuki Special Zone, einer gesetzlosen Zone in Tokio.
“Helios” sind diejenigen, die die Fähigkeit der Tätowierungen nutzen, um die Stadt zu schützen, “Artemis” verpflichtet sich, Sicherheit und Kontrolle zu wahren, während sie ein starkes kommerzielles Motiv haben, und der “Public Security Special Service” sind Scard-Mitarbeiter der Stadtpolizei Abteilung. Sie leben durch die turbulenten Tage, um weiterzumachen.