Die Geschichte konzentriert sich auf Yūta Hibiki, einem amnesischen Erstklässler, der in Tsutsujidai lebt. Er trifft den Hyper Agent Gridman auf seinem alten Computer. Dieser erklärt ihm, dass der Junge eine Mission hat, die er erfüllen muss. Also macht er sich auf, die Bedeutung dieser Worte und seinen Gedächtnisverlust zu finden. Das plötzliche Erscheinen von Kaiju würde schließlich die gewohnte Dynamik von Yūta und seinen Klassenkameraden verändern.