Okabe Rintarou ist durch einige Zeitlinien gereist, die Variationen seiner eigenen Welt sind und nun endlich in der des “Steins;Gate” angekommen. In dieser sind die schrecklichen Vorfälle der anderen Existenzen nicht eingetroffen und seine Freunde alle noch am Leben, was speziell bei seiner Assistentin Kurisu Makise wichtig ist, da beide sich zwar ständig in den Haaren liegen, jedoch tiefe Zuneigung füreinander empfinden. Als Rintarou eine Entscheidung für die Variation seiner Welt fällt, bei der zwar alle seine Freunde in Sicherheit wären, er jedoch für immer verschwinden würde, liegt es an Kurisu Makise, die Erinnerung an ihn aufrecht zu erhalten und sich eventuell gegen seinen letzten, großen Wunsch zu stellen, um ihn nicht zu verlieren.