Sieben Jahre nach der gewaltigen Schlacht um Teppelin gegen den Spiral King Lordgenome sind nun vergangen und Simon wurde zum neuen Herrscher gewählt. Trotz einiger Unruhen verbleibender Gunmen, darunter auch Viral, ist endlich Frieden und Wohlstand eingekehrt. Leicht bleibt das Leben für Simon und seine Gefährten aber nicht und schon bald müssen sie sich neuen Aufgaben stellen. Ein neuer Feind, der sich selbst die “Anti-Spiral” nennt, erscheint und stellt alle bisherigen Feinde in den Schatten. Warum attackieren die Anti-Spirals die Menschen und was hat Nia damit zu tun? Ein neues Abenteuer für Simon und seine Mitstreiter beginnt, bei dem das Schicksal der Menschheit auf dem Spiel steht.
Bei Gekijouban Tengen Toppa Gurren Lagann: Lagann-hen handelt es sich um eine Zusammenfassung der zweiten Hälfte von Tengen Toppa Gurren Lagann mit einigen neuen Szenen. Hierbei wird nahtlos am Vorgängerfilm Gekijouban Tengen Toppa Gurren Lagann: Gurren-hen angeknüpft und die Handlung fortgesetzt.