Nach dem Abschluss des ersten Jahres an der Oberschule wechselt der Schüler Ren Amamiya auf die „Shuujin-Oberschule“. Zu Jahresbeginn erwacht in dem bis dahin noch normalen Schüler eine Persona-Fähigkeit, die es ihm erlaubt, in das Unterbewusstsein der Menschen einzudringen und dieses zu verändern. Nach nur kurzer Zeit findet er neue Freunde, die die gleiche Fähigkeit besitzen. Zusammen gründen die Schüler die „Phantom Thieves of Hearts“-Organisation, mit der sie den Menschen ihre Verdorbenheit nehmen wollen. Trotz der umherziehenden Geister, die in Tokio neuerdings ihr Unwesen treiben, folgen die Oberschüler weiterhin ihrem Plan. Doch werden sie es schaffen, ihre Mitmenschen reinzuwaschen …?