Code Geass: Hangyaku no Lelouch R2 setzt die erste Staffel nahezu nahtlos fort. Wer wissen will, was nach dem Cliffhanger geschieht, muss sich entweder diese Staffel ansehen, oder einen Blick in den Spoiler werfen, der den Stand der Dinge, wie sie zur ersten Episode von R2 sind, beinhaltet.

Ein Jahr ist seit dem Fehlschlagen der Rebellion und dem mutmaßlichen Tod von Zero vergangen. Die Herrschaft von Britannia wurde wieder gefestigt und die Anhänger der Rebellion zu großen Teilen inhaftiert. Um zukünftige Aufstände und rebellische Gedanken in Area 11 zu unterdrücken, wird nun an den Elevens mit brutaler Gewalt ein Exempel statuiert. Lelouch, unwissend seiner Vergangenheit als Zero und inzwischen einfacher Schüler an seiner Highschool, findet sich plötzlich in einem Komplott gegen sein Leben und das einer mysteriösen Frau namens C.C. wieder. Sie enthüllt ihm seine vergangenen Pläne sowie seine frühere Identität, damit er das, was er begonnen hat, nun auch zu Ende bringt.