Shirou Emiya ist ein junger Magier, der die Homurahara-Akademie in Fuyuki besucht. Eines Tages, nachdem er im Bogenschützen-Dojo der Schule aufgeräumt hat, wird er Zeuge eines Kampfes zwischen übermenschlichen Wesen, die sich für ein Ritual – den Krieg um den heiligen Gral – gegenseitig bekämpfen müssen. In diesem Ritual treten verschiedene Magier, die als „Master“ bezeichnet werden, und ihre beschworenen „Servants“ gegeneinander an, um ein Artefakt zu erlangen, das jeden Wunsch erfüllen kann – den Heiligen Gral.

Shirou wird unerwartet Teil dieses Krieges und muss sich nun mit seinem Servant Saber gegen seine Feinde zur Wehr setzen. Doch plötzlich beginnt eine dunkle Gestalt, wahllos Bewohner Fuyukis umzubringen…

Anmerkung:
Fate/Stay Night Heavens Feel bildet eine alternative Route des von Type Moon produzierten Videospiels Fate/Stay Night, welches 2006 das erste Mal von Studio DEEN als Anime umgesetzt wurde. Im Mittelpunkt der Handlung steht in dieser Version Sakura Matou.