Die Geschichte beginnt mit dem beliebten Online-Spiel Yggdrasil, das eines Tages im Jahr 2138 abgeschaltet werden soll. Momonga, der Protagonist, will sich jedoch nicht ausloggen. Daraufhin wird Momonga in einen mächtigen Skelett-Magier verwandelt. Die Welt von Yggdrasil verändert sich daraufhin, sodass NPCs plötzlich Emitionen und ein eigenes Bewusstsein bekommen.
Ohne Eltern, Freunde oder einen Platz in der Gesellschaft versucht dieser junge Mann, die neue Welt zu erobern, die aus dem Spiel Yggdrasil entstanden ist.